Në fund të shekullit 19-të tokat e banuara me shqiptarë u vunë përsëri në rrezik kur fqinjët ballkanikë të shqiptarëve filluan aktivisht të ndeshen për të marrë pjesë nga territori i Maqedonisë, kontest që do të shpinte drejt Luftërave Ballkanike. Territori i Kontestueshëm përfshinte edhe katër vilajetet shqiptare. Patriotët shqiptar filluan përgatitjet për krijimin e një organizate të re për t’iu bërë ballë këtyre rreziqeve në vjeshtën e vitit 1896.
Takimi i parë u mbajt në mars 1897 në Gjakovë kur u krijua Besëlidhja Shqiptare. Në nëntor u mbajt edhe një takim tjetër në Pejë ku morën pjesë 500 veta pas së cilës Stambolli intervenoi dhe shpërndau Besëlidhjen. Në këto rrethana të ndërlikuara rifilluan përpjekjet e atdhetarëve shqiptarë për bashkimin e gjithë popullit dhe për krijimin e një lidhjeje të re, e cila, sipas shembullit të Lidhjes së Prizrenit, do t’i udhëhiqte shqiptarët në luftën për mbrojtjen e tërësisë tokësore të Shqipërisë dhe për çlirimin e saj.
Vatër e përpjekjeve të tilla për formimin e një lidhjeje të re, ashtu si në vitet e Lidhjes së Prizrenit (1878-1881) edhe tani, më 1899, u bënë përsëri qytetet e vilajetit të Kosovës dhe sanxhaku i Dibrës, të cilat kërcënoheshin drejtpërdrejt nga qarqet shoviniste të Serbisë, të Bullgarisë e të Malit të Zi. Lidhja e re shqiptare u krijua pas një pune të madhe përgatitore, organizative e politike, që atdhetarët shqiptarë brenda vendit, të udhëhequr nga Haxhi Zeka dhe shoqëritë patriotike jashtë atdheut, sidomos ato të Bukureshtit dhe Komiteti Shqiptar i Stambollit bënë në fundin e vitit 1898 dhe në janar të vitit 1899.
Fryt i këtyre përpjekjeve ishte thirrja e Kuvendit Kombëtar Shqiptar, i cili i zhvilloi punimet e tij në Pejë më 23-29 janar të vitit 1899, ku morën pjesë përfaqësues të parisë dhe të popullsisë së vilajetit të Kosovës, si dhe përfaqësues të veçantë të vilajeteve të Manastirit e të Janinës. Këtu u shpall formimi i lidhjes së re shqiptare që, sipas shembullit të Lidhjes të Prizrenit të vitit 1878, u quajt Lidhja e Pejës. Kryetar i Kuvendit dhe i Komitetit drejtues të Lidhjes u zgjodh Haxhi Zeka.
Midis tyre ishin Haxhi Zeka, Halil Hasan pashë Begolli, Myderiz Ismaili, Myderiz Abdullahu, Myfti Salihu, Bajram Curri, Myderiz Mehmet Hamdiu, Mehmet Aqifi, Zenel Beu, Ali pashë Draga nga Rozhaja, Ismail Haki pashë Tetova, Abdyl Halimi, Mehmet Sherifi, Myderiz Abdyli, Naxhi Mehmet Sulejmani, Mehmet Aqifi, Mehmet Tahiri, Mehmet Murati nga Senica etj.Përveç 36 delegatëve të vilajetit të Kosovës, që kanë vënë nënshkrimet e tyre në vendimet e Kuvendit të Pejës, në këtë tubim morën pjesë edhe përfaqësues të veçantë të vilajeteve të tjera shqiptare, të Shkodrës, të Manastirit e të Janinës. Sanxhaku i Dibrës i vilajetit të Manastirit u përfaqësua nga Selim Rusi, intelektual dhe atdhetar i shquar i kësaj treve.
Kuvendi i Pejës mori vendime të rëndësishme për zhvillimin e mëtejshëm të Lëvizjes Kombëtare Shqiptare, siç ishin Rezoluta (Kararnameja) prej 11 pikash dhe Akti i Besës prej 12 pikash, që u miratuan në mbledhjen me dyer të mbyllura të Kuvendit më 28 janar dhe u shpallën publikisht më 29 janar 1899.Në vendimet e Kuvendit u shpall formimi i Lidhjes ose, sikurse quhej në Rezolutë, i Ittifakut dhe u vendos Besa ndërmjet shqiptarëve.
